Структура института включает следующие подразделения:

• Лаборатории
  • Лаборатория флоры
    • Экспедиции
      • Поездка на юг или встреча с ежиком (2017)!
      • Сихотэ-Алинский заповедник (2016 г., 16-21.06)
      • Земля леопада (2016 г., 7-11.06)
      • Земля леопарда (2016 г., 29.04-3.05)
      • "Земля леопарда". Осенний выезд (сентябрь, 2015)
      • Олений Утес - путешествие в прошлое! (июль, 2015)
      • "Полет" ботаников на Луну (июнь, 2015)
      • Экспедиция на север Приморского края (август, 2014)
      • Экспедиция на Кур-Урмийский хребет (2016 г., 29.07-19.08)
      • Зоркий глаз или поход к сосне густоцветковой
  • Лаборатория интродукции и селекции
  • Лаборатория криптогамной биоты
    • Гербарий
      • Электронный каталог
    • Экспедиции
  • Научно-производственный отдел тропических и субтропических растений
  • Лаборатория геоботаники
• Хозяйственный отдел