Головная организация, г. Владивосток
Ученый совет
Совет молодых учёных
Профсоюз – ППО БСИ
Администрация
Аппарат управления
Отдел бухгалтерии
Отдел кадров
Отдел планирования и закупок
Научные подразделения
Лаборатория интродукции и селекции
Группа «Биотехнологии растений»
Группа «Семенной фонд»
Дендрологическая группа
Лаборатория флоры
Группа «Гербарий»
Лаборатория геоботаники
Лаборатория криптогамной биоты
Научно-производственный отдел
Вспомогательные отделы
Отдел эколого-ботанического просвещения и связям с общественностью
Эксплуатационно-технический отдел
Филиалы
Сахалинский филиал, г. Южно-Сахалинск
Амурский филиал, г. Благовещенск
